個人事業主で今回免税事業者からインボイス対応して課税事業者になった方の事務処理負担は増えるのか？
インボイスの発行
請求書の書式を変更したり（登録番号や税額の表示など）、端数処理の変更は必要です。
ただ、請求書ソフト使っている方はバージョンアップしたら自動で反映されていますし、エクセル書式であっても一度変更すれば完了なので、それほどの手間ではないでしょう。
インボイスの受け取り
そもそも免税からインボイス登録した場合の殆ど場合は簡易課税で対応されるのかと思います。そうすると、インボイスの受け取りについてあまり気にする必要が無いということです。
もちろん本則課税の事業者は受け取りの際の確認（登録番号や税区分）が大変だと思います。ただこのあたりもソフトを使っていれば大抵自動で完了します。→参考記事
本則課税なら以下のような視点はあるのですが、簡易課税だと無いでしょう。
消費税の計算
ここはもともと確定申告を税理士に依頼されていたなら、そのまま追加で依頼することになりそうですね。そういう意味では業務負荷は高まらないでしょう。（費用はかかるでしょうが）
また、会計ソフトから消費税の申告書も出てきますので、簡易課税であれば初期設定さえ間違えなければ簡単に申告書も作成スルことができます。とはいえ、消費税申告の手間は増えることになりますね。（とはいえ、もともと課税事業者は消費税申告毎年しているので、まあ仕方ないな、という感じです。）
まとめ
インボイスによって業務負荷は高まります。しかし、小規模な個人事業主やフリーランスは大抵、簡易課税であることを思うと、業務負荷の高まりはわずかです。業務負荷が高まるから廃業しよう！というほどの高負荷ではありませんので、安心して、経理や申告に臨めばいいのかと思います。
ソフトを使って業務を効率化していきましょう！
そんなところで。